Cùng với máy bay ném bom rơi tự do H-6, các phiên bản khác cũng được chế tạo, bao gồm máy bay ném bom hạt nhân khác với tên gọi "H-6A", máy bay trinh sát "H-6B", máy bay ném bom quy ước "H-6C" và máy bay ném bom hạt nhân "H-6E" với những biện pháp đối phó cải tiến, và máy bay mang tên lửa chống tàu "H-6D". H-6D được đưa vào hoạt động vào đầu thập niên 1980 và mang được một tên lửa chống tàu C-601 (tên mã của NATO: "Silkworm", một tên lửa chống tàu được phóng trên không khác được phát triển dựa vào loại P-500 Permit của Liên Xô / NATO "Styx") dưới cánh. H-6D có các hệ thống hiện đại hóa và một vòm mở rộng mái che radar ở dưới mũi. H-6 cũng được sử dụng như một máy bay tiếp dầu và làm máy bay mẹ để phóng máy bay không người lái. Những chiếc H-6 được sản xuất sau cùng được tăng thêm độ cong ở đầu cánh máy bay.[1]

Nhiều máy bay H-6A và H-6C đã được nâng cấp vào những năm 1990 để trở thành tiêu chuẩn "H-6F", cải tiến chính là một hệ thống dẫn đường hiện đại, với một thiết bị vệ tinh định vị toàn cầu (hệ thống định vị toàn cầu), radar dẫn đường Dopplerm và hệ thống dẫn đường quán tính. Việc sản xuất mới được bắt đầu vào thập niên 1990, với phiên bản "H-6G", đây là một phiên bản chỉ huy trên không cho tên lửa hành trình phóng từ mặt đất; phiên bản "H-6H", mang theo được 2 tên lửa hành trình tấn công mặt đất; và hiện này là phiên bản "H-6M" mang tên lửa hành trình đầu đạn hạt nhân, nó có 4 giá treo để mang tên lửa hành trình và được trang bị một hệ thống quét địa hình. Rõ ràng những phiên bản này không có khả năng mang bom bên trong. và đa số hay tất cả vũ khí phòng thủ của chúng đều bị loại bỏ.